Het bezit van de unieke collectie tekeningen, een bijzonder cultuurbezit brengt verplichtingen met zich mee. Inktvraat, vlekken, scheurvorming en verkeerde ingrepen uit het verleden bedreigen het voortbestaan ervan. Daarom is een conserverende behandeling voor alle cartons onafwendbaar. Daarmee is ongeveer twintig jaar geleden begonnen.
Het werk vorderde gestaag maar traag. Er waren nog vele cartons in afwachting van hun conservering. De staat daarvan werd echter niet beter. Om die reden heeft het College van Kerkrentmeesters in samenspraak met externe deskundigen een plan van aanpak ontwikkeld om de resterende 1300 meter in een periode van slechts 5 jaar te restaureren. Daar was een bedrag voor nodig van meer dan een miljoen euro, waarvoor in 2004 de fondswerving is begonnen. In april 2005 is met de daadwerkelijke conservering begonnen.
Inmiddels zijn alle cartons in geconserveerde of gerestaureerde staat. Geen carton wordt nog door de tand des tijds aangetast. Alle cartons zijn, met een lengte van circa 1,3 kilometer in één megaproject aangepakt. De cartons die in een goede staat verkeerden werden geconserveerd, andere die herstel-werkzaamheden behoefden zijn gerestaureerd en zo ook veilig gesteld worden voor de toekomst.
In totaal werd het project begroot op € 1.200.000,00. Het is het voornemen om het gehele project geheel te voltooien is uitgevoerd.

De technische leiding van het project was in handen van de heer P. Poldervaart, hoofd papierrestauratie van het Rijksmuseum te Amsterdam. Daarbij werd het restauratieproces technisch ondersteund door een begeleidingscommissie, bestaande uit internationaal erkende deskundigen. Deze commissie stond onder leiding van de heer prof. dr. J.P. Filedt Kok, hoofd van de afdeling schilderijen van het Rijksmuseum te Amsterdam.
Begin april 2005 is het mega-project van start gegaan met een pilot-project, waarbij twee cartons van uiteenlopende kwaliteit zijn gerestaureerd. Dit heeft een schat aan ervaring opgeleverd voor het verdere verloop van het project. In zeven deelprojecten is de feitelijke restauratie uitgevoerd.
In de loop van 2006, bij de voorbereiding van het vierde deelproject, bleek dat de behandeling van cartons met "inktvraat" een stuk moeilijker zou zijn. In samenwerking met diverse deskundigen van Het Nationaal Archief en het Instituut Collectie Nederland is in 2006 een onderzoek naar behandelmethoden van door inktvraat aangetaste cartons gestart dat wordt ondersteund door Bureau Metamorfoze.
Als onderdeel van een grotere archief-conservering is het carton van glas 19 geconserveerd, het gehele conserveringsproject werd ondersteund door Bureau Metamorfoze. Na de opgedane ervaringen met dit carton te hebben geëvalueerd is de behandelmethode waar nodig aangepast voor de resterende cartons.
Tijdens de restauratie bleek dat de berging van de cartons in smalle metalen kokers tot gevolg had dat de cartons te strak opgerold moesten worden om in de kokers te passen. Tevens werd het niet verantwoord gevonden om de moderne cartons na restauratie weer op te rollen.
Berging in kokers met een grotere diameter had tot gevolg dat deze niet in de bestaande opbergrekken zouden passen. Ook was er geen ruimte om de moderne cartons vlak op te bergen.
Derhalve realiseerde de projectcommissie in de geklimatiseerde cartonkluis een nieuw bergingssyteem.
Er zijn speciale roestvrij stalen kokers gemaakt en in de kluis is een rolkastensysteem gebouwd. Tevens is 340cm. brede ladenkast gebouwd, waar de moderne cartons vlak in kunnen worden opgeborgen.
De finale van het project is een
symposium dat wordt georganiseerd op 22 november 2011, tevens is een fraai boek uitgegeven, dat tijdens een feestelijke bijeenkomst in de Sint-Janskerk zal worden aangeboden aan Hare Majesteit de Koningin.
Tevens is dat de opening van een tentoon-stelling in museumgoudA, met de titel "Schetsen van Schoonheid". De tentoonstelling eindigt op 9 april 2012.